El juego toma lugar tras los eventos de Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles. Sonic y Tails reciben un aviso de una extraña energía proveniente de Angel Island, por lo que se montan en el Tornado para ir en busca de la fuente de dicha señal. Sin embargo, el Dr. Eggman envía a un grupo de robots de élite, los Hard-Boiled Heavies, para alcanzar la señal antes que Sonic y Tails. Los robots excavan la fuente de energía, la cual es una misteriosa gema llamada «Rubí Fantasma/Phantom Ruby», lo que les da a los robots poderes especiales.
Instalar normalmente, para activar el juego se debe copiar el contenido de la carpeta crack
en la raiz de la carpeta sonic mania.